インボイス登録しないと損？課税事業者になった人が知っておくべき税金の差とは

2023年10月から始まった「インボイス制度」。
導入前後には大きな話題になりましたが、実際のところ「自分には関係ない」と思っている方も少なくないかもしれません。
特に現在、免税事業者の立場にある個人事業主にとっては、遠い世界の話に感じることもあるでしょう。

しかし実際には、売上が1,000万円を超えた時点で、自動的に「課税事業者」になるルールがあるため、インボイス制度は無関係ではいられません。
そしてこのときに「インボイス発行事業者として登録しているかどうか」によって、納める消費税の金額が大きく変わるのです。

この記事では、課税事業者となった場合にインボイス登録をしていないと、なぜ「損をする」と言われるのか、その仕組みと金額差をわかりやすく解説します。

インボイス制度とは？まずは基本の確認から
課税事業者になるとどうなる？“登録の有無”で税金が変わる理由
1. 前提：年間売上1,000万円、仕入れ500万円（すべて税込）
登録していないと取引先に不利？法律と現実のズレ
インボイス登録しないと「損する」のは事実
課税事業者になるのは“2年前の売上”が基準です

インボイス制度とは？まずは基本の確認から

インボイス制度とは、正確には「適格請求書等保存方式」と呼ばれるもので、取引の際に「消費税率」や「消費税額」が明確に記載された請求書（＝インボイス）を発行・保存することで、仕入れ時に支払った消費税を控除できるようにすることです。

インボイスを発行できるのは、あらかじめ税務署に「適格請求書発行事業者」として登録した事業者だけです。
制度導入後は、事業者間取引において、このインボイスがないと仕入れ税額控除ができなくなり、結果として納税額が増えることになります。

課税事業者になるとどうなる？“登録の有無”で税金が変わる理由

課税事業者になると、消費税の納税義務が発生します。これは、インボイスに登録していようがいまいが、関係ありません。
しかし、インボイス発行事業者として登録していない場合、消費税の納税額が「控除なしの満額」になってしまうため、結果として非常に不利になります。

たとえば、年間の売上が税込みで1,000万円、仕入れが500万円だとします（すべて10％消費税と仮定）。このとき、売上で受け取った消費税は約91万円、仕入れで支払った消費税は約45万円です。

インボイス登録をしていれば、この45万円を差し引いた約46万円を国に納めればよいのですが、登録していない場合は差し引きができず、91万円すべてを納税しなければなりません。
つまり、インボイス登録の有無だけで、年間の消費税の納税額に約45万円もの差が生まれるのです。

前提：年間売上1,000万円、仕入れ500万円（すべて税込）

	インボイス登録あり	インボイス登録なし（課税）
売上の消費税（預かり分）	90.9万円	90.9万円
仕入れの消費税（支払分）	▲45.5万円（※控除可能）	❌控除できない（そのまま負担）
実際の納税額	45.4万円	90.9万円 ←全額納税
差額	–	＋45.5万円も多く納税！

インボイス登録しないと、払う税金が“倍”になる可能性がある。

登録していないと取引先に不利？法律と現実のズレ

もうひとつ、気になるのが「登録していないと取引先から敬遠されるのではないか？」という点です。

公正取引委員会は、次のように明言しています。

「インボイス発行事業者でないことを理由に、取引を打ち切ったり、対価の減額を求めたりすることは、独占禁止法上問題となる可能性があります」

つまり、法律上は「登録していないからといって、不利益な扱いを受けてはいけない」ことになっています。
でも実際の現場では「インボイス対応事業者とのみ取引する方針に変えました」といった、いわば“建前”で取引を終了されたり、「インボイスがないならその分安くしてほしい」といった要望を受けるケースも見られます。

表向きは合法でも、登録していないことで実質的に不利な立場に追いやられるリスクがあるのが、今のインボイス制度の現実です。